La découverte, l'étude et l'aménagement du lieu :
En 1940, l'église est détruite par les bombardements. Lors des déblaiements, sous l'occupation, Pierre Hamel, passionné d'histoire, et en particulier de celle de sa ville surveille les travaux pour sauver les éléments de statuaires de l'église dignes d'être conservés.
Il découvre alors cette cavité, dont il soupçonnait l'existence. La lourde dalle qui bouche l'entrée est déplacée (en pensant que c'était un caveau).
Par ailleurs, lors du déblaiement du sol de l'église, les ossements des notables enterrés sous le sol de l'église furent jetés par ce puits.
Abandonnées jusqu’en 1958, date du grand déblaiement pour la reconstruction de l’église, les catacombes furent ensuite à nouveau explorées.
En 1971, le groupe orléanais de la Société Française d'Etude des Souterrains (S.F.E.S.) fait une reconnaissance des lieux et des relevés sous la conduite de Pierre Hamel. Puis elles retrouvent le silence.
En 1988, Pierre Hamel aidé de ses amis de la S.F.E.S. entreprennent des travaux de déblaiement, trient les ossements éparpillés. En 1989, deux petits ossuaires sont aménagés afin de rendre à ces restes humains jetés en vrac une sépulture plus dignes.
Les tombes situées dans le sol de la carrière sont découvertes par des sondages et sont laissées telles quelles, dans l'espoir de sondages archéologiques (qui ne viendront jamais).
Il faut donc bien distinguer les tombes dans le sol de la carrière, des ossuaires qui sont les os du sol de l'église jetés en vrac lors des déblaiements de l'église.
Une ouverture au public est évoquée, car il existe deux escaliers, murés, l'un débouchant dans une cave, l'autre sous la rue Saint-Paul. Le propriétaire de la cave refuse toute ouverture dans celle-ci. Une déviation du second l'escalier est envisagé dans le jardin presbytère, mais ni la ville, ni le propriétaire des lieux, ni le directeur des Antiquités Historiques n'ont répondu de manière favorable aux nombreuses demandes présentées par Pierre Hamel.
Aujourd'hui, l'accès se fait donc toujours par le puits de descente des cercueils et le lieu n'est ouvert qu'à de rares privilégiés.